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大型のAフォトン炉とSEEDが融合することで、SEEDを生産し管理するためのSEEDフォーム、ダルク・ファキスが生まれることが調査で判明した。SEEDを浄化しHIVEを無力化せよ！

開始カウンター「HIVE・3号 中央制御室方面」

デネス・レリクスを根城とするディ・ラグナスがレリクス内の調査の妨げになっている模様。レリクス深部に進み、ディ・ラグナスを討伐せよ！

開始カウンター「デネス湖 デネス・レリクス方面」

ガーディアンズの研究開発部が、研究用サンプルにゾアル・ゴウグの体組織を必要としている。月明かりを頼りにゾアル・ゴウグを討伐せよ！

開始カウンター「ミズラキ保護区：ケゴ広場 アガタ諸島方面」

エンドラム機関の残党が旧炭鉱に残存兵力を集結させ、大規模な作戦の準備をしている。兵器の中にはマガス・マッガーナが確認されている。目標を破壊し彼らの作戦を阻止せよ！

開始カウンター「ガレニガレ鉱山：地底湖 炭鉱地帯方面」